Опір Катерини Чезаре Борджіа означав, що їй довелося зіткнутися з його гнівом і ув'язненням. Здобувши свободу в Римі, потім вона продовжила спокійне життя у Флоренції.

Катерина була схоплена і відправлена ​​до Родріго Борджіа в Римі, який тримав її у в'язниці протягом року і, за чутками, зґвалтував її разом зі своїм сином. Коли вона вийшла з Ватикану, її волосся стало сивим. Заслана до Флоренції Катерина помер від запалення легенів у 1509 році.

На очах переважаючих сил 12 січня 1500 року також впала фортеця Форлі, Катерина була взята в полон Чезаре Борджіа і ув'язнена в Кастель Сант-Анджело, де її катували і принижували. 30 червня 1501 Катерина була звільнена і прожила останні роки свого життя у Флоренції зі своїм сином Іоанном.

Чезаре Борджіа продовжив бомбардування і завоював фортецю Форлі. Катерина стала в'язнем і була привезена до Риму, замкнена у в'язниці Кастель-Сант-Анджело. З нею погано поводилися і навіть катували. Зрештою її звинуватили в спробі отруїти папу Родріго Борджіа, тому вона була змушена зіткнутися з тривалим судовим процесом.

Сфорца найбільш відомий її легендарна відповідь на погрозу ворога вбити її дітей-заручників, слова, які Макіавеллі зберіг для нащадків. «Зробіть це, якщо хочете: повісьте їх навіть у мене на очах, — заявила вона, піднімаючи спідниці, — ось у мене є те, що потрібно, щоб зробити інших!»

Після гострої суперечки між ними, Катерину забрали охоронці і ув'язнили в Кастелло. Незабаром після цього Еціо проник у замок Святого Ангела, щоб убити Родріго та Чезаре Борджіа.