Що таке аналіз лужної комети?

Аналіз лужної комети ідентифікує як одноланцюгові, так і дволанцюгові розриви, оскільки дві нитки ДНК розкручуються на розривах шляхом лужної денатурації. Виникла ідея, що якщо аналіз проводити в нейтральних буферах (рН < 10), він виявляє лише дволанцюгові розриви, оскільки ДНК не розмотується.

Існує два види кометного аналізу. У нейтральному кометному аналізі ДНК зберігається у вигляді подвійних ланцюгів, тому аналіз використовується для виявлення дволанцюгових розривів. На відміну від цього, лужний кометний аналіз проводиться при рН8 і включається етап денатурації, щоб можна було визначити як одноланцюгові, так і дволанцюгові розриви.

Техніка лужного елюювання, розроблена Коном та його співробітниками (Kohn and Ewig, 1973; Kohn et al., 1976; Kohn, 1979), забезпечує чутливе вимірювання розподілу розмірів одноланцюгової ДНК у клітинах ссавців і представляє вдосконалену альтернативу техніці градієнтного осадження лужної сахарози.

Кометний аналіз (електрофорез в одноклітинному гелі) є простим методом вимірювання розривів ланцюга дезоксирибонуклеїнової кислоти (ДНК) в еукаріотичних клітинах. Клітини, вбудовані в агарозу на предметному склі мікроскопа, лізуються миючим засобом і високим вмістом солі з утворенням нуклеоїдів, що містять суперскручені петлі ДНК, пов’язані з ядерною матрицею.

У лужних умовах (pH > 13), кометний аналіз здатний виявити одноланцюгові та подвійні розриви, а також лужно-лабільні сайти (ALS).

Аналіз лужної комети ідентифікує як одноланцюгові, так і дволанцюгові розриви, оскільки дві нитки ДНК розкручуються на розривах шляхом лужної денатурації. Виникла ідея, що якщо аналіз проводити в нейтральних буферах (рН < 10), він виявляє лише дволанцюгові розриви, оскільки ДНК не розмотується.