Гомологія не впливає на напрямок трансформації, тоді як симплезіоморфія як «примітивний» стан і синапоморфія як «похідний» стан відносяться безпосередньо до філогенезу, реального історичного еволюційного процесу видоутворення та трансформації.

Усі гомологи є синапоморфними, але не навпаки. Відсутність анатомічного елемента, наприклад, може бути таксономічною синапоморфією, але не гомологією, оскільки гомологи є позитивними анатомічними частинами. Тому синапоморфію та гомологію не слід розглядати як синоніми.

Наприклад, у межах клади наземних хребетних (у яких предковий стан характеру «має чотири ноги»), і слони, і саламандри мати чотири ноги — і тому мати чотири ноги є симплезіоморфією для цих двох ліній.

Синапоморфія — це апоморфія, спільна для двох або більше таксонів (…). У кладистиці синапоморфія означає гомологію. Приклад: наявність молочних залоз є синапоморфією для ссавців по відношенню до чотириногих, але є симплезіоморфією для ссавців по відношенню один до одного — гризунів і приматів. [Сим]плезіоморфія (…)

Гомологія лежить в основі порівняльних досліджень у біології на всіх рівнях від генів до фенотипів. Гомологія – це подібність через спільне походження та походження, гомоплазія – це подібність, досягнута шляхом незалежної еволюції.

Припустімо, що у вашій групі є дві пташки та крокодил. Пір'я – це синапоморфія, яка об'єднує два види птахів, відокремлюючи їх від крокодила. Таким чином, синапоморфії представляють спільну еволюційну новизну, відрізняючи клади від їхніх предків.