Еухроматин, який має відкриту структуру і часто транскрибується, має тенденцію до реплікації в ранній S-фазі. Гетерохроматин, який є більш конденсованим і рідко транскрибується, зазвичай реплікується в пізній фазі S.

Еухроматин розкручується під час інтерфази, ймовірно, щоб забезпечити транскрипцію гена, і він може бути додатково упакований у приблизно 10 000-кратне ущільнення в мітотичних хромосомах і стати гетерохроматином. З іншого боку, гетерохроматин зазвичай підтримує приблизно 10 000-кратне ущільнення як в інтерфазі, так і в мітозі.

B. Гетерохроматин — це більш щільний хроматин, який виявляється під час мітозу та мейозу, тоді як еухроматин — це більш вільний хроматин, який зустрічається в ядрі в інтерфазі.

Еухроматин більш вільно упакований і, як правило, містить гени, які транскрибуються, порівняно з більш щільно ущільненим гетерохроматином, який багатий на повторювані послідовності та має тенденцію не транскрибуватися.

Еухроматин дозволяє транскрипції та варіації гена відбуватися всередині генів. Гетерохроматин підтримує структурну цілісність геному і дозволяє регулювати експресію генів.