На відміну від більшості ігор Final Fantasy, які використовують самодостатні історії та персонажів, X-2 продовжує історію Final Fantasy X (2001). Історія розповідає про те, як Юна шукає Тідуса, головного героя попередньої гри, намагаючись запобігти переростанню політичних конфліктів у Спірі у війну.

Коли він зникає, Тідус прощається зі своїми друзями та приєднується до духів Аурона, Джехта та Браски в потойбічному світі. Тідус мало з'являється в сюжеті продовження 2003 року Final Fantasy X-2, хоча зустріч з ним є метою гравця.

Дія відбувається в тому ж світі, що й FINAL FANTASY X… але не є. Події FINAL FANTASY X-2, як і його попередника, відбуваються у світі Spira, але все змінилося. Не вдаючись до спойлерів, події FINAL FANTASY X мали глибокий вплив як на світ, так і на його народи.

Відбувається два роки Після доленосної подорожі Юни, щоб перемогти Сіна, колись хаотичний світ Спіра зазнав масштабної трансформації, увійшовши в період «Вічного спокою».

В історії, вона розлучається з Тідусом після того, як сказала йому, що любить когось іншого, перш ніж оголосити, що вона знову буде боротися з відродженим Гріхом.