pepXML є відкритий формат даних, розроблений SPC/Інститутом системної біології для зберігання, обміну та обробки призначень пептидної послідовності сканувань MS/MS. pepXML призначений для забезпечення загального формату виведення даних для багатьох різних пошукових систем MS/MS і подальшого аналізу на рівні пептидів.20 лютого 2024 р.

mzXML є XML (розширювана мова розмітки) загальний формат файлу для мас-спектрометричних даних протеоміки. Цей формат був розроблений у Seattle Proteome Center/Institute for System Biology, коли HUPO-PSI намагався визначити стандартизований формат mzData, і досі використовується в спільноті протеоміків.

The формат mzML це відкритий формат на основі XML для вихідних файлів мас-спектрометра, розроблений за повної участі постачальників і дослідників з метою створення єдиного відкритого формату, який підтримуватиметься всім програмним забезпеченням.

OrthoXML є формат XML. XML — це мова розмітки, яка вбудовує вміст у структурований спосіб, щоб його було легко обробляти та перевіряти. Ортологічні дані можна структурувати за допомогою XML як контейнера, де взаємозв’язки генів та їх ортологічні групи можна описати як об’єкти даних.

ЕХІ є дуже компактне представлення XML, указане в рекомендації W3C Efficient XML Interchange (EXI) Format 1.0 (Second Edition). EXI покращує швидкість серіалізації та синтаксичного аналізу та дозволяє ефективніше використовувати пам’ять і час автономної роботи порівняно зі стандартним (текстовим) XML.

В Інтернеті формати пов’язані зі стандартизованими ідентифікаторами типів носіїв, наприклад application/json. Загальні формати даних включають JSON, CSV і XML. API. Інтерфейс прикладного програмування (API) — це попередньо визначений протокол для читання та/або запису даних за допомогою файлової системи, бази даних або через мережу.