У період з 1655 по 1665 рік перша гавань була побудована в Порт-Сетоні 11-м лордом Сетоном, який жив у палаці Сетон.. Гавань назвали Порт-Сетон, щоб відрізнити її від гавані Кокензі, оскільки між ними лише півмилі.

11-й лорд Сетон побудував гавань у місці, яке, природно, стало відомим як Порт Сетон у 1656 році. Він виріс переважно як рибальська гавань, хоча також обслуговував маєтки Сетонів. Сетони підтримали якобітів під час повстання 1715 року, і їхні маєтки в цьому районі були конфісковані.

Сьогодні гавань є довіреним портом, яким керує Комісар порту Сетон. Тут розміщені прогулянкові судна та кілька рибальських човнів.

Про це свідчать історичні записи це був найрозкішніший палац у Шотландії в 17 столітті. У палаці приймали королів Якова VI і Карла I. Він був пошкоджений і згорів під час повстання якобітів 1715 року, а в 1780 році він був описаний як руїни. У 1789 році палац було зруйновано.

Містечко Кокензі було засноване в 1591 році королем Шотландії Яковом VI. Гавань Порт-Сетона була побудована 11-м лордом Сетоном між 1655 і 1665 роками. У 2001 році в місті проживало 4493 особи. Після останнього перепису населення в 2001 році було побудовано багато нових будинків.

Сім'я Сетон знову виступила за справу Стюартів, брав участь у порятунку сина королеви Марії, молодого тоді Якова VI, з полону в руках родини Дугласів. Вони також відіграли важливу роль у переговорах про сходження Якова VI на англійський престол.